Vasco de Gama le sort de l’anonymat du Pernambuco en le recrutant en 1995. Ce club basé à Rio de Janeiro offre une médiatisation incomparable à ce travailleur qui, à défaut d’être un jeune prodige, franchit tranquillement les paliers qui mènent au très haut niveau. En 110 rencontres, Juninho plante 24 buts et remporte de nombreux titres dont la prestigieuse Copa Libertadores, équivalent sud-américain de la Ligue des Champions.

En 2001, Lyon est à la recherche d’un milieu offensif de toute urgence. Sur les conseils de leur émissaire brésilien, Marcello ancien défenseur de l’OL, Bernard Lacombe décide d’enrôler le Brésilien qui vient de rompre son contrat avec Vasco. Le Monsieur recrutement du club ne connaît le joueur que sur cassette, mais il ne coûte rien et les coups francs sélectionnés par Marcello font leur effet sur le staff lyonnais. Le joueur donne donc son accord et repousse une offre tardive du FC Barcelone.

Personne ou presque, en Europe, n’a encore entendu parler de Juninho, si ce n’est de son homologue, Juninho Paulista. Mais en quelques années l’outsider va renverser la tendance. Son arrivée à Lyon coïncide avec le premier titre de Champion de France de l’histoire du club. Le début d’une série, toujours en cours, de 6 titres consécutifs.

Grand artisan de l’hégémonie lyonnaise, "Juni" explose individuellement, dépassant toutes les espérances. En 5 ans, le milieu de terrain inscrit 62 buts dont 26 sur coup franc ! A gauche, à droite ou dans l’axe, à 20, 30 ou 40 mètres, le Brésilien fait mouche quelque soit la position avec une technique de frappe très particulière qui ne donne quasiment aucun effet au ballon. Sans parler des coups de pied arrêtés qu’il dépose sur le crane de ses coéquipiers.
La star incontestée de la L1 ne parvient malheureusement pas à hisser l’OL jusqu’aux sommets européens, butant trois fois de suite en quarts de finale de Ligue des Champions. La dernière élimination, face au Milan, n’entame pourtant pas sa détermination à poursuivre l’aventure lyonnaise et son envie d’y remporter la "coupe aux grandes oreilles".
En plus d’avoir gonflé son palmarès avec les Gones, Juninho s’est assuré une place en seleçao en vue de la Coupe du Monde. Il n'y a pas beaucoup joué marquant comme même un but sur coup de pieds arréter.

 Il devient champion de france pour la 6èmes fois consécutives avec l'ol et vient de prolonger jusqu'en 2010 avec le même club ou il finira sa carrière.